Par son travail, l'EPER (Entraide Protestante Suisse) contribue à réduire la pauvreté et facilite l'accès à des ressources vitales comme l'eau, la nourriture et l'éducation. L'EPER lutte contre l'exploitation et encourage les personnes opprimées à faire valoir leurs droits. Son objectif est que chacune et chacun puisse mener une vie digne et autonome, sans distinction d'appartenance culturelle ou religieuse.

A l'étranger, l'EPER intervient dans l'aide humanitaire, le développement et la coopération, et l'entraide des Eglises. Les projets sont gérés par des organisations partenaires locales, choisies pour leur proximité avec les bénéficiaires et leur efficacité.

En Suisse, l'EPER est active dans la défense des droits des réfugiés, le conseil et l'intégration de migrantes et migrants, ainsi que de personnes suisses socialement défavorisées.